Log Horizon sigue la historia de un estratega con reputación a sus espaldas y a otros jugadores del juego MMORPG Elder Tale en el que los jugadores quedan atrapados después de una actualización.
Con millones de jugadores a nivel mundial el juego lanza su duodécima expansión, los jugadores conectados en ese momento se ven atrapados en su nueva realidad virtual sin oportunidad de salir y a dicho evento lo denominaron Apocalipsis.
Shiroe el estratega se une con compañeros, Naotsugu un Guardián y Akatsuki una asesina y junto con otros jugadores emprenden la tarea de aprender a vivir en ese muevo mundo creando reglas para poder vivir y subsistir en un mundo sin reglas.